1603 errichtete Orgelbauer Hans Schwarzenbach in der damaligen alten Kalterer Pfarrkirche eine neue Orgel um 600 f. Reparaturen / Umbauten erfolgten 1642 und 1670 von Daniel Herz; 1735-1740 wurde die Orgel von Franz Ehinger einschneidend umgebaut, der unter anderem ein Rückpositv dazubaute.

Beim Kirchenneubau wurde auch eine neue Orgel eingeplant. Den  Aufrag dazu erhielt 1792 Johann Anton Fuchs, der unter Verwendung des alten Pfeifenwerks ein neues Instrument in einen neuen Orgelkasten baute und auch 7 neue Register vorsah. Der Orgelkasten stammt vom Kalterer Tischler Franz Atz, die Schnitzereien vom Kalterer Kaspar Schonger. Aus Geldmangel wurden die von Fuchs vorgesehenen Register jedoch erst 1806/07 von Joseph Miterer aus dem Unterinntal komplettiert.

1911 baute - nach diversen Repararuren und Umbauten im 19. Jahrhundert und wachsender Unzufriedenheit mit dem Instrument - Franz Reinisch ein neues 28-registriges zweimanualiges Instrument mit pneumatischen Taschenladen und komplett neuem Pfeifenmaterial ins bestehende Gehäuse (Opus 111, ohne Rückpositv).

1978 erfolgte schließlich ein weiterer Neubau einer dreimanualigen 31-registrigen mechanischen Schleifadenorgel - mit Neubau eines Rückpositvs in die Emporenbrüstung - von Orgelbauer Hans Pirchner aus Steinach a. Br. in Tirol. (Peskoller: Gehäuserestaurierung 1978)