Die Pfarrkirche St. Nikolaus, auf romanischen  Grundmauern  stehend, wurde im 15. Jahrhundert erweitert, um 1500 wurde das  Sterngewölbe gebaut.

Im 13. oder 14.  Jahrhundert wurde der Sitz der Pfarre an die St. Peters-Kirche  in  Auer  übertragen,  Neumarkt also von dort aus seelsorglich betreut.

1841 wurde der Ort wieder Pfarrei und 1893 schließlich Dekanat.

Im  gleichen  Jahr wurde  an  Orgelbauer Franz Reinisch aus Steinach i.T. der Auftrag  zum Neubau einer Orgel erteilt, der auf der Westempore ein zweimanualiges 20-registriges Kegelladeninstrument mit mechanischer  Traktur,  mechanischen Registerzügen  und  freistehendem Spieltisch aufstellte.

Weitere Umbauten / Restaurierungen erfolgten 1929 (durch Vincenzo Mascioni – Cuvio, Varese) und 1958 (durch Leopold Stadelmann – Eggen).

1987  wurde  das  Instrument  einer gründlichen  Restaurierung  durch Orgelbauer Josef Kaufmann  aus  Deutschnofen unterzogen.