Nel 1603 l'organaro Hans Schwarzenbach costruì un nuovo organo nella chiesa di Caldaro che costò 600 f. Daniel Herz lo restaurò tra il 1642 e il 1670. L'organo fu nuovamente riparato da Franz Ehinger tra il 1735 e il 1740, che aggiunse anche un positivo tergale.

Nel 1792, quando fu ricostruita la chiesa, Johann Anton Fuchs venne anche incaricato di costruire un nuovo organo utilizzando le vecchie canne, preparando una nuova cassa e aggiungendo 7 registri. La cassa è stata costruita dal falegname di Caldaro Franz Atz e gli intagli lignei sono stati fatti da Kaspar Schinger sempre di Caldaro. A causa della mancanza di denaro Fuchs non poté installare i nuovi registri che aveva programmato; soltanto nel 1806/07 Joseph Miterer della Unterinntal lo riuscì a completare.

Nel corso del 19° secolo, dopo diverse riparazioni e restauri, tutti erano insoddisfatti dello strumento e così nel 1911 Franz Reinisch fu incaricato di costruire un nuovo organo a somiere pneumatico, 28 registri, due tastiere e inserire le nuove canne nella cassa già esistente (Opus 111, senza positivo tergale).

Nel 1978 Johann Pirchner di Steinach am Brenner in Tirolo ha costruito un nuovo strumento meccanico a tre tastiere, 31 registri, con somiere a tiro, con un positivo tergale posto sulla balaustra della cantoria (Peskoller: restauro della cassa, 1978).