La parrocchia di San Nicolò, che si erge su muri di epoca romana, fu ampliata nel XV secolo e verso il 1500 venne costruita la volta a crociera. Nel XIII o XIV secolo la sede della parrocchia fu trasferita alla chiesa di San Pietro di Ora che da quel momento gestì anche Egna. Nel 1841 la chiesa di Egna tornò ad essere parrocchia e infine nel 1893 diventò Decanato.

Nello stesso anno l’organaro Franz Reinisch di Steinach (Tirolo) fu incaricato di costruire un nuovo organo. Sulla cantoria ovest fu

installato uno strumento con somieri a valvole coniche a due manuali con 20 registri, a trazione e registri meccanici e consolle libera dal corpo dello strumento.

Seguirono ulteriori ricostruzioni e restauri: nel 1929 da parte di Vincenzo Mascioni – Cuvio (Varese) e nel 1958 da Leopold Stadelmann – Ega. Nel 1987 lo strumento fu accuratamente restaurato dall’organaro Josef Kaufmann di Nova Ponente.