Nel 1599 l’organaro Hans Schwarzenbach di Füssen costruì un nuovo organo a nido di rondine nella chiesa parrocchiale di San Paolo al prezzo di 600 fiorini. Nel 1609 l’organo fu spostato sulla cantoria ovest di nuova costruzione e venne riparato varie volte: nel 1618 da Lucio Valvassori, nel 1670 da Daniel Herz e nel 1674 da Sebastian Achamer.

Nel 1688/89 Eugenio Casparini dalla Slesia costruì un nuovo organo a 38 registri per la chiesa di San Paolo, prese in pagamento l’organo Schwarzenbach e lo rivendette a Ora per 350 fiorini. Qui nel 1690 trovò la sua posizione definitiva nella cantoria della chiesa del cimitero (San Pietro).

Nel XVIII e XIX secolo lo strumento subì delle riparazioni dall’organaro Franz (I) Fuchs (ca. 1780), Andreas Mauracher, Joseph Mitterer (1806), Karl Mauracher (1820, 1824), Giovanni Pansieri (1837) e Josef Sies (1870). Tra queste riparazioni quelle di Andreas Mauracher e Josef Sies lasciarono delle chiare tracce.

Dal 1982 al 1986 lo strumento è stato restaurato dalla ditta organaria Reinisch-Pirchner ed è stato riportato alla disposizione originaria. Per la ricostruzione del Regal 8’ sono stati utilizzati i valori di misura del regale dell’organo Ebert di Innsbruck.

Inizialmente la tastiera era situata dietro il prospetto, ma ora si trova davanti.